Phylogeography and genetic diversity of Psammophis schokari (Serpentes) in North Africa based on mitochondrial DNA sequences

The snake Psammophis schokari has a widespread distribution across North Africa, and in Morocco/Western Sahara is represented by three different morphotypes: striped, unicoloured and the Western-Sahara morph. ND4 mitochondrial DNA sequences from 28 specimens comprising 20 P. shokari, two P. aegyptius, one P. elegans, two P. sibilans, one P. condanarus and two outgroups were analysed. Within P. schokari we identified four genetic lineages (Morocco/Western Sahara, Mauritania, Algeria and Israel) with a genetic divergence ranging from 4-5%, less than that typically found between different species. Surprisingly, Moroccan/Western Sahara and Algerian lineages are the most divergent ones. This geographic substructuring may be due to severe climate changes in the Sahara desert between the Miocene and Pleistocene associated with expansion/contraction phases of this desert. Psammophis aegyptius is the sister-taxon of Psammophis schokari with a high level of genetic divergence between them (10.7%) supporting the recognition of P. aegyptius as a distinct species. The three Moroccan/Western Sahara colour morphotypes form one genetic lineage, indicating that colour pattern does not reflect a different phylogenetic history, and is probably an ecological adaptation to the local environment.     

辣椒GRAS家族全基因组鉴定与表达分析

基于辣椒全基因组数据信息,利用生物信息学方法对CaGRAS基因家族进行了系统鉴定和进化分析,并通过Real-time PCR方法检测了CaGRAS家族组织表达模式和对PEG6000、盐胁迫的应答。结果表明:在辣椒中存在54个CaGRAS基因,除11号染色体外其余染色体均有分布,外显子数1~3,等电点4.97~9.13;系统进化分析显示CaGRAS基因可分为8个进化群;CaGRAS基因具有不同的表达模式,在根、茎、叶片和茎尖中优势表达的基因分别有34、8、3和8个;多数CaGRAS基因能响应PEG6000和盐胁迫,其中CaGRAS11、CaGRAS30、CaGRAS40、CaGRAS44和CaGRAS50受到PEG6000和盐胁迫的强烈诱导。本研究为深入解析CaGRAS家族基因的功能奠定了一定基础。     

基于rDNA ITS序列研究蚌科6种类的系统发生关系

通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种贝类的相关序列进行比对,ITS1的比对长度包括501个位点,其中有364个变异位点和99个简约信息位点;ITS2的比对长度包括381个位点,其中有259个变异位点和66个简约信息位点。以虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)为外群,采用邻接法(NJ)分析6种贝类的系统发生关系,贝类明显聚合为3个类群:类群Ⅰ包括三角帆蚌(H.culingii)和背瘤丽蚌(L.leai),类群Ⅱ包括扭蚌(A.lanceolata)和圆顶珠蚌(U.douglasiae),类群Ⅲ由背角无齿蚌(A.woodiana woodiana)和褶纹冠蚌(C.plicata)组成。     

两种大眼蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体12S rRNA基因部分片段的序列,前者为577 bp, 后者为572 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为39.0%、35.7%、16.5%、8.8%;39.3%、 36.2%、 15.8%、8.7%;不包括11处插入/缺失位点,两序列间有75个变异位点,核苷酸差异率为13.18%,其中转换42个、颠换33个, 转换与颠换比约为1.3.对国内外4种大眼蟹长度为331 bp的12S rRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为76.6%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点52个,简约信息位点25个.系统发生树的拓扑结构显示,所有的大眼蟹聚为一支,支持大眼蟹类为一单系.     

Analysis of 18S rRNA gene of Octostigma sinensis (Projapygoidea: Octostigmatidae) supports the monophyly of Diplura

The phylogenetic position of Diplura within Hexapoda has been controversial. There are three major lineages in Diplura: Campodeoidea, Projapygoidea, and Japygoidea. However, most of the previous studies were restricted to Campodeoidea and Japygoidea. Until now, only preliminary morphological study on Projapygoidea was reported, and no sequence data from Projapygoidea was available. The main aim of the present study was to investigate the phylogenetic position of Octostigmatidae, one of the three families of Projapygoidea, in Diplura and to test if Diplura are monophyletic. The complete 18S rRNA gene sequences of Octostigma sinensis (Projapygoidea: Octostigmatidae) from subtropical China, together with representative species of Campodeoidea and Japygoidea, and several species of Protura and Collembola were analyzed. The phylogenetic trees were obtained by different methods (neighbor-joining, maximum parsimony, and maximum likelihood) with a chelicerate species as outgroup. Our results suggested that Octostigma was closer to the genus Parajapyx (Japygoidea: Parajapygidae) than to the representative genus of Campodeidae (Campodeoidea). All phylogenetic trees supported the monophyly of Diplura.     

DNA序列分析在植物分子系统学研究中的应用现状——-以蔷薇科为例

 近20年来, DNA序列已被广泛应用于植物各分类阶元的系统学研究中, 为解决长期有争议 的和亟待解决的系统进化问题提供了有力的证据。现以蔷薇科为例, 概述了应用DNA片段进行植物分子系统研究的现状, 详细剖析了应用DNA序列进行植物系统发育研究时常见的问题及其原因, 提出了对存在多倍化、杂交起源和快速分化等复杂进化史的植物类群进行系统学分析时选用DNA序列的策略和注意事项。     

圆斑星鲽线粒体基因组全序列结构及其进化

利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COⅠ,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandemly repeat sequence)。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444~7。     

江苏山羊品种细胞色素b基因(Cyt b)变异特点及其系统地位分析

测定了江苏山羊品种的细胞色素b基因全序列1 140 bp,并引用10个山羊品种(群体)细胞色素b基因全序列进行比较,分析碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异.以绵羊为外群,分别采用邻近法、最大简约法和最大似然法构建分子系统树,得到的拓扑结构一致,初步提示了江苏山羊品种的系统进化关系:长江三角洲白山羊和黄淮山羊的亲缘关系较近,可能来自同一个母系;它们与日本山羊可能在较早的世代具有共同的祖先.本研究结果也支持将东亚、南亚和东南亚固有山羊群体划分为"东亚"和"南亚"两大亲缘系统的观点.     

中国叩甲科昆虫12亚科的支序分类研究

选取中国叩甲科昆虫12亚科间的13个特征，经量化处理并判定特征的极化方向后得到数据矩阵，再利用计算机支序分类软件PAUP4．0进行数据处理，得出中国叩甲科昆虫12亚科的谱系图。研究结果表明：叩甲科可明显地划分为3个自然类群，它们的亲缘关系可表示为（7，8），（（2，4）3）9），（（（11，12）10）5（1，6）），其中齿胸叩甲亚科（7）与露唇叩甲亚科（8），槽缝叩甲亚科（2）与萤叩甲亚科（4），小叩甲亚科（11）与心盾叩甲亚科（12），尖鞘叩甲亚科（1）与异角叩甲亚科（6）是4对姊妹群，每对姊妹群中的2个亚科间亲缘关系最近；单叶叩甲亚科（3）和叩甲亚科（9）与第2对姊妹群（2，4），梳爪叩甲亚科（10）与第3对姊妹群（11，12），胖叩甲亚(5)与第4对姊妹群（1，6）亲缘关系较近；齿胸叩甲亚科（7）与露唇叩甲亚科（8）是最原始的1对姊妹群，小叩甲亚科（11）与心盾叩甲亚科（12）是最进化的1对姊妹群。     

中国尖胸沫蝉科族的系统发育及一新族的建立(同翅目:沫蝉总科)

本文应用Kluge and Farris的Wagner数量分析法对我国尖胸沫蝉科(Aphrophoridae)的铲头沫蝉族Cloviini,象沫蝉族Philagrini,尖胸沫蝉族Aphrophorini,长沫蝉族Phil-aenini及棘茎沫蝉族,新族Capnodistini trib.nov.之间的系统发育关系进行了分析,结果推得两个明显的组群,即(Cloviini+Philagrini)+(Aphrophorini)和(Philaenini+Capnodistini trid.nov.),它们互为姐妹群关系,共同形成一个全系分支(holophyleticClade)。文中建立一新族棘茎沫蝉族Capnodistini trib.nov.该族定义为触角檐具檐沟,阳茎有6～8条棘刺,其模式属指定为Capnodistes Breddin 1903。